Роман "Птицы дождя" начинается с поставившего в тупик общественность загадочного убийства молодой учительницы, которое произошло в небольшом японском городе в дождливую ночь.

Житель Токио Рен Ишида получает известие о смерти старшей сестры, с которой не виделся годы. Однажды Кеико просто исчезла из Токио, а в семье перестали упоминать ее имя.

Рен отправляется в городок Акакава, чтобы уладить дела сестры и понять наконец, почему она их покинула. В Акакаве он занимает квартиру Кеико и устраивается учителем на место ее работы. Вскоре Рен начинает видеть странные повторяющиеся сны — незнакомую девочку, которая рассказывает ему о разделенной на два полумесяца луне и обещает, что скоро он обязательно поймет, что все происходящее вокруг него — звенья одной цепи.