Изложены основания биологической систематики, рассматриваемой в полном объёме в историческом, теоретическом и отчасти философском аспектах. Общий контекст изложения сформирован неклассической философией науки в сочетании с эволюционной эпистемологией. Охарактеризованы основные таксономические исследовательские программы и теории (схоластическая, типологическая, организмическая, эволюционная в широком смысле, фенетическая, нумерическая, биоморфологическая), основные концепции (классификация, иерархия, таксон, гомология, признак, родство, сходство, взвешивание), теоретические основания номенклатуры. Проанализированы основные причины их исторической динамики, выделены основные этапы и направления их развития.