Развитие экономической науки и хозяйственной практики в последние десятилетия ставит в центр внимания экономистов проблемы мезоэкономики - сферы, расположенной между макро- и микроэкономическим уровнями и включающей в себя регионы, отрасли, социально-экономические экосистемы и комплексы.

ЦЭМИ РАН был в числе первых исследователей мезоэкономики в России. Коллективом сотрудников ЦЭМИ РАН были подготовлены и опубликованы в 2001 г. - монография "Мезоэкономика переходного периода - рынки, отрасли, предприятия"